广义上的有机肥：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。主要来源于植物和(或)动物施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料.经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质。生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。

菌肥是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土着微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。作为化肥的替代品，有机肥与生物菌肥是有机农业和绿色农业的基础之一，由于两者各有不足，目前已经出现并迅速推广一种兼有两者优点的肥料有机肥。

有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤，促使被土壤固定的养分释放。菌肥只含有功能菌，通过功能菌来提高土壤固定肥料的利用。有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活;而生物菌肥的功能菌可能不适合某些土壤环境。

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